然而，燃料電池的推廣并不存在技術上的問題，但成本以及加氫站的建設卻是兩大較難逾越的障礙，氫燃料電池汽車實現(xiàn)民用化、商業(yè)化難度很高。
燃料電池生產(chǎn)成本很高，而加氫站的建設甚至比鋰電池電動汽車的充電站更難，因此目前鋰電池用的較多(注：特斯拉汽車用的便是鋰電池)。首先，氫氣有爆炸的隱患，另外，氫氣來源渠道有限，日本的加氫站是選擇建設在氯堿廠旁邊的，因為氯堿生產(chǎn)可副產(chǎn)大量氫氣。
所以從燃料來源這個角度來說，甲醇燃料電池的可能性還比較大，因為甲醇的來源比較廣，目前全球范圍內(nèi)能實現(xiàn)氫燃料電池商業(yè)化的企業(yè)還沒有，要實現(xiàn)大規(guī)模商業(yè)化的難度很高，國內(nèi)短期內(nèi)也看不到希望。
雖然豐田、奔馳想向世界宣告氫燃料電池生產(chǎn)技術已成熟，估計生產(chǎn)幾十、幾百輛是沒有問題的，但大規(guī)模生產(chǎn)仍不太可能。
近些年日本、歐洲、美國加州、荷蘭等地都在加緊推動建設加氫站和燃料汽車的使用，若國外氫燃料電池汽車能實現(xiàn)一定程度的量產(chǎn)，那么國內(nèi)相關企業(yè)的產(chǎn)品也是有可能進入整個供應體系的，由于氫燃料電池和鋰電池各有利弊，因此短期內(nèi)兩者還不能互相取代。