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    1、占比不達(dá)標(biāo)。研發(fā)人員不達(dá)標(biāo)，研發(fā)費(fèi)用占比不足，高品收入占比不達(dá)標(biāo)。某企業(yè)不注重規(guī)劃，年底企業(yè)銷售收入激增，導(dǎo)致年底找研發(fā)費(fèi)用的情況頻發(fā)。某研發(fā)型科技企業(yè)沒有提前規(guī)劃，年度入賬政府補(bǔ)貼800萬(wàn)，導(dǎo)致補(bǔ)貼收入大于自產(chǎn)銷售收入，高新技術(shù)產(chǎn)品收入占比不達(dá)標(biāo)。

    2、同一數(shù)據(jù)不同系統(tǒng)填報(bào)不一致。統(tǒng)計(jì)季報(bào)、火炬年報(bào)、高企年報(bào)數(shù)據(jù)不一致。某企業(yè)不重視科技系統(tǒng)有關(guān)高企內(nèi)容的填報(bào)，導(dǎo)致稅務(wù)系統(tǒng)中和高企系統(tǒng)中的研發(fā)費(fèi)用，職工總數(shù)，研發(fā)人員數(shù)目不一致，導(dǎo)致在重新認(rèn)定的時(shí)候稅務(wù)解釋很困難。

    3、火炬年報(bào)中存在大量前后勾稽關(guān)系。跳錯(cuò)無(wú)法上報(bào)、預(yù)警無(wú)法給予合理解釋。某科技企業(yè)在填寫過(guò)程中系統(tǒng)一直報(bào)警，導(dǎo)致沒有按時(shí)提交上去。

    4、錯(cuò)過(guò)填報(bào)時(shí)間。科技部門通知周期短，系統(tǒng)使用人員多，截止時(shí)間系統(tǒng)將在國(guó)家科技部關(guān)閉，無(wú)力回天，導(dǎo)致某企業(yè)錯(cuò)過(guò)填報(bào)時(shí)間。

    5、專業(yè)術(shù)語(yǔ)（基礎(chǔ)研發(fā)，科技成果，新產(chǎn)品的定義，人員和項(xiàng)目之間關(guān)系）理解不到位導(dǎo)致填寫錯(cuò)誤，影響三年后高企申報(bào)。某新認(rèn)定高新技術(shù)企業(yè)不知道這些數(shù)據(jù)如何填寫。

    6、研發(fā)費(fèi)用占比銷售收入比例不達(dá)標(biāo)。吳江一家公司最后導(dǎo)致研發(fā)費(fèi)用最后一年嚴(yán)重偏高，稅務(wù)認(rèn)為有為高企湊數(shù)據(jù)的嫌疑。

    7、各費(fèi)用之間占比和各項(xiàng)目之間分配方式不合理。如項(xiàng)目之間平均分配費(fèi)用，平均分配在研發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表中專家一看就是湊的研發(fā)費(fèi)用。

    8、歸集口徑問(wèn)題。歸集不能歸集的費(fèi)用如福利費(fèi)、招待費(fèi)，目前高新技術(shù)企業(yè)研發(fā)費(fèi)用歸集原則《高新技術(shù)企業(yè)工作管理指引》國(guó)科發(fā)火【2016】195號(hào)文，加計(jì)扣除歸集的原則為《財(cái)政部 國(guó)家稅務(wù)總局 科技部關(guān)于完善研究開發(fā)費(fèi)用稅前加計(jì)扣除政策的通知》財(cái)稅【2015】119號(hào)和《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)研究開發(fā)費(fèi)用稅前加計(jì)扣除政策有關(guān)問(wèn)題的公告》國(guó)家稅務(wù)總局公告2015年第97號(hào)，必須在兩者之間有所平衡。

    9、原始憑證無(wú)法證實(shí)其為研發(fā)費(fèi)用。某科技企業(yè)證據(jù)鏈不完整，沒有辦法證書研發(fā)費(fèi)用發(fā)生的真實(shí)性。

    10、組織協(xié)調(diào)問(wèn)題。因涉及多個(gè)相關(guān)部門，各部門配合之間存在很大問(wèn)題 ，部門職責(zé)難以明確。

    11、“做”賬。財(cái)務(wù)管理制度和內(nèi)部控制制度不健全，容易出現(xiàn)研發(fā)費(fèi)用為單獨(dú)財(cái)務(wù)部門“做”出來(lái)。

    12、專業(yè)局限性。財(cái)務(wù)人員對(duì)高企專業(yè)程度存在局限性，對(duì)高企財(cái)務(wù)理解不清晰。

國(guó)家級(jí)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定申報(bào)是一項(xiàng)專業(yè)性非常強(qiáng)的工作，如果由企業(yè)單獨(dú)來(lái)操作，可能會(huì)耗費(fèi)許多時(shí)間與精力而不得其所。